Joao Sollari Allegro Machado Lopes

Graduei-me em Biologia Geral em 2005 pela Universidade de Lisboa com uma especialização em Desenvolvimento de Software e na utilização de Modelos Matemáticos Determinísticos. Em 2010, obtive um Ph. D em Genética Populacional pela University of Reading. Durante o doutoramento apliquei métodos de Inferência Bayesiana nas áreas de Genética da Conservação, Filogeografia e Epidemiologia. Mais tarde, completei um pós-doutoramento de um ano em Taxonomia e Sistemática Vegetal no Centro de Ciencias do Mar, onde desenvolvi um banco de dados em SQL de genomas completos aos quais apliquei ferramentas Estatísticas Bayesianas usando Modelos Evolucionários de Composição Heterogénea. Actualmente estou a fazer um pós-doutoramento em Doenças Infecciosas estudando dinâmicas na Imunidade-Cruzada e na Heterogeneidade em hospedeiros e em agentes patogénicos. Para tal, utilizo técnicas de manipulação Matemática Algébrica e ferramentas Estatísticas Computacionais para capturar as dinâmicas em modelos compartimentais envolvendo várias características: interação entre diferentes sepas, sistemas vector-hospedeiro, e alternância entre estados latentes e activos. Durante este pós-doutoramento tenho estudado doenças infecciosas com características muito distintas (ex. VIH, Dengue e Tuberculose), mas todas representando um grande custo para a sociedade.

I graduated in Bioinformatics, in 2005, from University of Lisbon, with a specialization in software development and in using deterministic mathematical models for data analysis. I developed my PhD in Population Genetics, in 2010, from University of Reading. During this time I applied Bayesian inference to Conservation Genetics, Phylogeography and Epidemiology using genetic data. Later, I did a one-year post-doc in Phylogenetics, in Centro de Ciencias do Mar, where I developed an SQL database of full-sequenced genomes to which I applied Heterogeneous Composition Evolutionary Models using Bayesian statistics tools. At the moment, I am doing a post-doc in Infectious Diseases studying dynamics in cross-immunity and heterogeneity of hosts and pathogens. I am using mathematical manipulation and computation-intensive statistical tools to capture those dynamics in compartmental models with various features: multi-strain pathogens, vector-host interactions and presence of latent/active states. During this post-doc I have studied infectious diseases with very distinct characteristics (e.g. HIV, dengue and tuberculosis) but all representing a high-burden to society.Due to my background, my interests are focused mainly on the development and use of software for mathematical and statistical analysis, as well as, on the creation and upkeep of databases. Along my research I had the opportunity to work in several different fields of Ecology and Evolution. Recently, my research has been naturally shifting towards applying computational tools to study dynamical systems and population dynamics in Epidemiology of Infectious Diseases.