Paulo Cesar Telles de Souza

After completing my studies as a chemistry technician and working for 2 years in glass factory (a French company - Saint Gobain), I started my Bachelor and Licentiate degrees in Chemistry in 2003 at University of Campinas, one of top technological universities in Brazil and Latin America. I quickly developed an interesting in science, which encouraged me to start working with Prof. Munir S. Skaf. Having a background in Physical-Chemistry, my training during the Masters (2007-2009) and PhD (2009-2013) with Prof. Skaf was mainly in Molecular Biophysics. I applied computational and theoretical methods to biological problems with medical relevance. In particular, I gained experience in code development, force-field parametrization and in computational studies involving nuclear receptors and kinases, which includes effects of disease related mutations, protein-protein interactions, protein conformational changes and protein-ligand interactions. Most of these studies were carried out in exciting collaborations with experimental research groups, including biophysics, structural biologists, medicinal chemists and medical doctors. As a post-doc, I was trained in one of the world-leading laboratories in Computational Biophysics, the Molecular Dynamics Group led by Prof. Siewert J. Marrink at the University of Groningen (one of the top universities in Europe, located in the Netherlands). I specialized in molecular simulations of water soluble proteins (as SOD1), but also learnt about modelling of bilayers, transmembrane proteins (Toll-like receptors, ECF transporters, Signal Peptidase Complex-SPC), DNA-lipid complexes, materials, and (bio)technological applications. I am one of the main developers of the new generation of Martini coarse-grained (CG) force-field, one of the most popular CG models in the world. In collaborations with 9 other research groups, we just finished a new version of Martini in 2021, called Martini 3. The new model allows more accurate predictions of molecular packing and interactions in general, with potential new applications to drug design, which is now part of my future research plans in CNRS (Lyon, France), in collaboration with companies and other research teams around the world.

Após concluir meus estudos como técnico em química e trabalhar por 2 anos em fábrica de vidro (empresa francesa - Saint Gobain), iniciei meu bacharelado e licenciatura em Química em 2003 na Universidade de Campinas, uma das principais universidades tecnológicas do Brasil e da América Latina América. Rapidamente desenvolvi um interesse em ciências, o que me incentivou a começar a trabalhar com o Prof. Munir S. Skaf. Com formação em Físico-Química, a minha formação durante o Mestrado (2007-2009) e o Doutorado (2009-2013) com o Prof. Skaf foi principalmente em Biofísica Molecular. Apliquei métodos computacionais e teóricos a problemas biológicos com relevância médica. Em particular, ganhei experiência em desenvolvimento de código, parametrização de campo de força e em estudos computacionais envolvendo receptores nucleares e quinases, que incluem efeitos de mutações relacionadas a doenças, interações proteína-proteína, alterações conformacionais de proteína e interações proteína-ligante. A maioria desses estudos foi realizada em empolgantes colaborações com grupos de pesquisa experimental, incluindo biofísica, biólogos estruturais, químicos medicinais e médicos. Como pós-doutorado, fui treinado em um dos laboratórios líderes mundiais em Biofísica Computacional, o Grupo de Dinâmica Molecular liderado pelo Prof. Siewert J. Marrink na Universidade de Groningen (uma das melhores universidades da Europa, localizada no Países Baixos). Eu me especializei em simulações moleculares de proteínas solúveis em água (como SOD1), mas também aprendi sobre modelagem de bicamadas, proteínas transmembrana (receptores Toll-like, transportadores ECF, Signal Peptidase Complex-SPC), complexos DNA-lipídio, materiais e (bio ) aplicações tecnológicas. Sou um dos principais desenvolvedores da nova geração do campo de força de granulação grossa (CG) Martini, um dos modelos CG mais populares do mundo. Em colaborações com outros 9 grupos de pesquisa, acabamos de terminar uma nova versão do Martini em 2021, chamada Martini 3. O novo modelo permite previsões mais precisas de empacotamento molecular e interações em geral, com novas aplicações potenciais para o design de fármacos , que agora faz parte dos meus planos de pesquisa futura no CNRS (Lyon, França), em colaboração com empresas e equipes de pesquisa ao redor do mundo.