Vinicius Moll de Castro Pereira

Graduated in Physics at Universidade Federal do Rio de Janeiro (1988), master's in Cosmology from Centro Brasileiro de Pesquisas Físicas (1991), master's in Evolutionary and Adaptive Systems (artificial life) from the University of Sussex (2001), and PhD in Evolutionary Genomics/Bioinformatics from Imperial College London (2005). Post-doctoral owrk on evolutionary genomics/transcriptomics at the University of Sussex (UK).I have made several contributions to our understanding about genome/transcriptome evolution using bioinformatics methods: i) I discovered mechanism controlling genome size in certain plants, contributing to the solution of the "paradox" of the lack of correlation between genome size and organismal complexity. ii) I showed that different species of phytopathogenic fungi exchange DNA horizontally. iii) I contributed to the discovery that retrovirus have been re-infecting the germline leading to the human for 30 million years. iv) I developed metrics to quantify the divergence between orthologous gene expression profiles over evolutionary timescales, and demonstrated the influence of repetitive DNA on gene expression. v) I developed software for genome annotation. vi) I developed computational and statistical pipeline for the discovery of functional short peptides previously ignored by standard genome annotation, and for the discovery of regulatory elements.I am interested in the potential of the integration and analysis of high-throughput datasets as a work tool in diverse areas of fundamental and applied (molecular) biology, such as epigenetic gene regulation, short RNAs (sRNA), biotechnology, and the optimization of the use of genetic resources for food security.

Possuo graduação em Física pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (1988), mestrado em Cosmologia pelo Centro Brasileiro de Pesquisas Físicas (1991), mestrado em Sistemas Evolucionários e Adaptativos (vida artificial) pela University of Sussex (Inglaterra, 2001) e doutorado em Genômica Evolutiva/Bioinformática pelo Imperial College London (Inglaterra, 2005). Pós-doutorado em genômica/transcritômica evolutiva na University of Sussex (Inglaterra).Fiz várias contribuições ao nosso entendimento sobre a evolução de genomas/transcritomas usando métodos da bioinformática: i) Descobri mecanismos controlando o tamanho do genoma de certas plantas, contribuindo para a solução do paradoxo da falta de correlação entre o tamanho do genoma e a complexidade de um organismo. ii) Demonstrei que diferentes espécies de fungos fitopatogênicos trocam DNA (horizontalmente) entre si. iii) Contribuí para a descoberta de que retrovirus vêm re-infectando a linha germinal que evoluiu à humana por 30 milhões de anos. iv) Desenvolvi métrica para quantificar a divergência entre padrões de expressão gênica ortólogos em escala de tempo evolucionária, e demonstrei a influência de novas inserções de DNA repetitivo na expressão gênica. v) Desenvolvi programa de computador para a automação da anotação e análise evolutiva de genomas. vi) Desenvolvi um canal computacional e estatístico para a descoberta de peptídeos curtos funcionais anteriormente ignorados pela anotação de genomas padrão, e para a descoberta de elementos regulatórios. Estou interessado no potencial da integração e análise de grandes conjuntos de dados como ferramenta de trabalho em diversas áreas da biologia (molecular) fundamental e aplicada, tais como a regulação epigenética da expressão gênica, RNAs curtos (sRNA), biotecnologia, e a otimização do uso de recursos genéticos para a segurança alimentar.