Este grupo de pesquisa estuda a diversidade de microrganismos da Amazônia com importância para a saúde tanto como causadores de doenças quanto como produtores de compostos bioativos. São feitos estudos dos aspectos gerais de doenças de interesse na Amazônia, de microrganismos e parasitos, e da configuração sócio-espacial do ambiente e da sociedade e sua relação com a saúde humana. Estudos epidemiológicos moleculares são realizados em amostras clínicas e ambientais de microrganismos e parasitos, além da caracterização proteômica dos microrganismos e de amostras clínicas. Há ainda o desenvolvimento de métodos e desenhos de estudos epidemiológicos para a análise de situação de saúde e avaliação de programas e serviços de saúde, incluindo análise de determinantes sociais e ambientais de saúde.