O grupo de Sistemática e Ecologia de Criptógamas e Fungos tem por missão a formação de profissionais de alto nível e de excelência nas área da Botânica Criptogâmica e Fungos nos diversos ecossistemas do Estado da Bahia. Visando suprir a carência evidente de estudos relacionados a essa área, tem por objetivos: i) conhecimento da composição, distribuição e ecologia da flora criptogâmica e da micota do Estado; ii) desenvolver pesquisas na área da biologia e fitoquímica e consequentemente levantar as potencialidades econômicas relacionadas aos representantes desses grupos; iii) desenvolver estudos de impacto e de monitoramento ambiental e apontar áreas prioritárias para preservação;