O grupo de Microbiologia aplicada à obtenção de produtos bioativos trabalha no sentido de isolar, caracterizar e avaliar microbiologicamente a atividade de novas moléculas e/ou substâncias obtidas por síntese orgânica, extraídas de vegetais superiores ou de microganismos, bem como analisar farmacologicamente os efeitos tóxicos e de biocompatibilidade com o organismo receptor. Este grupo também prioriza os estudos técnico-farmacêuticos para introdução destas moléculas e/ou substâncias como príncipios ativos de medicamentos.