Compreende o estudo que caracterizam os processos físicos, químicos e Biológicos que ocorrem na interação entre a biosfera e a atmosfera, descrevendo os fatores que controlam as trocas de energia e massa (H2O, CO2, CH4, N2O) nos diferentes ecossistemas amazônicos. Realiza estudos de bases teóricas e experimentais sobre a estrutura e funcionamento dos ecossistemas terrestres e aquáticos da Amazônia, avaliando sua distribuição espacial e suas relações com os fatores ambientais e climáticos da região, em condições naturais e alteradas pela ação humana. São enfatizadas as interações entre as florestas, solos, rios e lagos da região com a atmosfera terrestre na região do Oeste do Pará.