Patógenos emergentes são microrganismos que desenvolvem doenças infecciosas cuja incidência tenha aumentado em um dado local ou grupo populacional específico. Estes microrganismos podem não ter sido detectados anteriormente, podendo estar associados a uma mudança no meio ambiente que estabeleceu uma ponte para a sua transmissão. Estes microrganismos emergentes, por sua vez, devem ser manipulados em condições precisas de biossegurança, as quais devem garantir a prevenção, minimização ou eliminação de riscos inerentes às atividades de pesquisa, produção, ensino, desenvolvimento tecnológico e prestação de serviços, vinculados a tais patógenos.