O programa de biotecnologia do IPA é constituído pelos Laboratórios de Controle Biológico, de Biologia do Solo, de Cultura de Tecidos Vegetais e Laboratório de Genoma, que têm como objetivo comum e estabelecimento de novas tecnologias, a partir da utilização das ferramentas da biotecnologia, com a finalidade de transferir para o agricultor os resultados obtidos. O Estado de Pernambuco, através dos trabalhos de pesquisa desenvolvidos nos laboratórios e estações experimentais do IPA, nos últimos 20 anos, vem acumulando experiência em diversas áreas da biotecnologia, tais como: as pesquisas genômicas e proteômicas; cultivo in vitro de células e tecidos de plantas para obtenção de mudas comerciais; o uso de microrganismos para combater e controlar pragas das grandes culturas e, também para recuperar os solos de áreas degradadas e, além disso, melhorar a fertilidade dos solos através do uso de biofertilizantes. Dessa forma, o fortalecimento dessas áreas de pesquisa tem permitido a prestação de valiosos serviços aos agricultores. Tais serviços são resultados da produção in vitro em larga escala de mudas de Palma Forrageira, tolerantes a cochonilha, do controle de pragas, com destacada importância para o controle da cigarrinha da cana-de-açúcar e das pastagens e do moleque da bananeira, além do uso de inoculantes para leguminosas que possibilita a redução dos custos de produção e preservação dos ecosistemas. Dessa forma, o programa de biotecnologia vem criando uma perspectiva de estabelecimento de uma agricultura moderna e competitiva a nível de pequeno, médio e grande produtor no Estado, visando torna-lo auto-suficiente na geração de novas tecnologias.