A determinação de perfils metabólicas de organismos em função de condições genéticas ou ambientais permite estudar os mecanismos de regulação do metabolismo.Atualmente mais de 200.000 compostos foram identificados em plantas e muito mais compostos esperam identificação. Muitos destes compostos tem aplicações importantes como medicamentos, aromatizantes, antibióticos, toxinas, e matéria prima para indústria química (entre outras).Grandes avanços foram feitos nos últimos dez anos nas áreas de genômica, na qual sequências completas do DNA de vários organismos foram obtidas, e proteômica, aonde perfis completos das proteínas de organismos podem ser elaborados.A metabolômica estuda o perfil dos metabólitos primários e secundários. Assim os efeitos de mudanças no genoma, proteoma ou transcriptoma podem ser estudados. Mas também os efeitos de condições ambientais ou doenças poderiam ser estudadas.
