O NuPEFs atua em pesquisa e extensão relativas ao manejo fitossanitário de culturas em ambiente de terras baixas, cuja missão é "apresentar soluções para o manejo de pragas em sistemas produtivos de terras baixas". O grupo tem em sua visão "tornar-se referência em nível científico e para produtores na área de conhecimento de fitossanidade em cultivos em terras baixas". As principais linhas de pesquisa referem-se ao manejo de doenças em sistemas de rotação arroz e soja, manejo de insetos pragas em sistemas de produção de arroz-irrigado e na cultura da soja, e manejo integrado de plantas daninhas. Em seu segmento de extensão, realiza a identificação de plantas daninhas resistentes, doenças e insetos pragas coletados em áreas comerciais. Além disso, presta atividades de extensão por meio de seminários, dias de campo e palestras, onde são apresentados os principais resultados de pesquisa para produtores e assistência técnica.
