Realizar pesquisas sobre aspectos bioecológicos, dinâmica de transmissão, vigilância e controle de vetores, assim como de reservatórios e agentes etiológicos das doenças tropicais e/ou negligenciadas; Desenvolver pesquisas relacionadas a aspectos epidemiológicos, clínicos e desenvolvimento de tecnologias para diagnóstico das doenças tropicais e/ou negligenciadas; Realizar a bioprospecção dos produtos naturais com potencial atividade biológica a serem utilizados no controle dos vetores e agentes etiológicos, bem como outros produtos de interesse medicinal e alimentar; Promover e incentivar a formação e capacitação técnico-científica adequada para pesquisadores, alunos e técnicos, qualificando-os para desenvolver pesquisa e ensino em áreas correlatas à medicina tropical; Divulgar e transferir o conhecimento científico para os diversos setores da sociedade utilizando tecnologias sociais, realização de eventos científicos, de extensão e informação em saúde; Promover ações integradas com a sociedade e poder público visando a informação e prevenção das doenças tropicais em áreas de riscos. E ainda, elaborar e implementar um plano diretor de Tecnologia da Informação de modo a atender as demandas dos setores meio e fim da Instituição; Formar capital humano com qualificação adequada para a Amazônia Legal, buscando o desenvolvimento de pesquisas científicas e fixação de pesquisadores, bem como a consolidação da Fundação de Medicina Tropical do Tocantins.