O grupo de Sanidade Vegetal em Culturas de Importância Econômica é constituido de membros da APTA Regional do Centro-Oeste, Alta Sorocabana e Centro Leste.Os Polos foram criados para atender as demandas de pesquisa regionais. Entre os principais problemas fitossanitários em que os Polos desenvolvem pesquisa destacam-se hortaliças e frutas diversas, além de prestação de serviços no Polo Centro Oeste: análise microbiológica de vegetais, identificação e isolamento de agentes de doenças, exames nematológicos em solo e raízes e controle, identificação de pragas.