O grupo de pesquisa em Agroecologia e Permacultura vem contribuir com a produção e disseminação do conhecimento científico, tecnológico e inovativo em agroecologia. Visa o aumento da renda, redução da dependência de insumos externos pelos agricultores familiares e assentados de reforma agrária e conservação do meio ambiente. As metas são a produção diversificada de bens e serviços, otimização de ciclos e processos naturais ligados a ciclagem de nutrientes e ao fluxo de matéria e energia, autoregulação de fitoparasitas contribuindo para gerar a resiliência do sistema. O foco também em ações extensionistas busca a dinamização econômica por meio do enriquecimento agroflorestal e uso múltiplo dos agroecossistemas como: avaliação e adaptação de clones de cacau à produção orgânica; enriquecimento e manejo do sistema com leguminosas, fruteiras e anuais; verificação de arranjos de policultivos vantajosos; e avaliação do crescimento e da função de árvores nativas e exóticas presentes na região sul baiana.
