O grupo contribui para o conhecimento ecológico de sistemas aquáticos brasileiros, de água doce e costeiros, por meio da caracterização das bacias hidrográficas quanto aos aspectos geomorfológicos e usos pelo homem e por meio de análises dos corpos de água em seus aspectos físicos, químicos e biológicos. Nesta área o grupo tem focalizado particularmente as alterações da qualidade da água em decorrência da eutrofização e da poluição ambiental e realiza estudos ecotoxicológicos com espécies nativas e diferentes contaminantes Pesticidas, metais, fármacos. Membros do grupo se dedicam ao estudo taxonômico de diferentes comunidades nos ambiente aquáticos . São realizados estudos de ciclo de vida ecofisiologia e ecologia trófica dos grupos recentes. Além da biodiversidade em nível de espécies, o grupo focaliza o estudo da biodiversidade de habitats ; a biodiversidade funcional e introdução de especies invasoras e recentemente estudos de biologia molecular visando o DNA-barcoding.
