O grupo de pesquisa tem como finalidade registrar primeiras ocorrências ou reaparecimento de doenças cuja faixa da fronteira sul é considerada oficialmente livre, além de novas cepas de agentes patogênicos, mudanças repentinas e inesperadas nos parâmetros epidemiológicos, tais como distribuição, incidência, morbidade, mortalidade ou até mesmo mudança de hospedeiro, patogenicidade ou surgimento de novas variantes ou cepas, principalmente se houver repercussões para a saúde pública. Atualmente, o grupo desenvolve pesquisas relacionadas ao diagnóstico molecular de Ehrlichia spp., Hepatozoon sp., Babesia spp., Anaplasma spp. e Leishmania spp. E sorológico de Anaplasma marginale, Neospora caninum, Babesia bovis, Babesia bigemina e Toxoplasma gondii em bovinos; Babesia canis, Ehrlichia canis e Toxoplasma gondii em caninos; Theileria equi e Toxoplasma gondii em equinos; e Toxoplasma gondii em ovinos, utilizando a técnica de ELISA indireto.