O grupo de pesquisa Saneamento tem por objetivo estudar os impactos das atividades humanas nas águas por meio do monitoramento físico, químico e biológico; da recuperação de ecossistemas; da determinação genética e da diversidade microbiana em sistemas biológicos de tratamento; de indicadores de contaminação ambiental e da pesquisa, desenvolvimento e otimização de processos (biológicos e/ou químicos) para o tratamento e reúso de águas residuárias geradas em atividades domésticas e industriais.