O grupo de microbiologia oral visa o melhor entendimento e tratamento/prevenção e controle das principais doenças infecciosas da cavidade oral. A ecologia da cavidade bucal é objeto de estudo, tanto pela determinação da associação de patógenos orais com as diferentes condições e nichos, como pela análise das interações entre os microrganismos e destes com o hospedeiro. São empregadas técnicas dependentes de cultura e de biologia molecular para identificação da microbiota e para tipagem e determinação de genes bacterianos que codificam fatores relacionados a virulência e sua expressão.