O PPG em Bioinformática iniciou suas atividades em 2009 a partir de uma parceria entre professores de Informática do SEPT e do Núcleo de fixação biológica de nitrogênio do departamento de Bioquímica ambos da UFPR. Os primeiros trabalhos focaram o fechamento de genoma e busca por ORFs na bactéria Herbaspirillum seropedicae, empregando técnicas de Inteligência Artificial (IA) e desenvolvimento de Bancos de Dados. Posteriormente as pesquisa em Inteligência Artificial avançaram e se estenderam a outros ramos da Bioinformática originado uma nova linha de pesquisa no Programa.
