O objetivo desta linha de pesquisa é o desenvolvimento de algoritmos computacionais para a análise de sistemas biológicos em nível atomístico. Incluem-se métodos de predição de estrutura, predição de interação com macromoléculas ou ligantes e predição de características topológicas de macromoléculas. Notavelmente, o software de busca de cavidades protéicas KVFinder produziu duas dissertações de mestrado e um software com 2399 downloads e um artigo científico com 41 citações e 4400 downloads. A linha de pesquisa em interação de proteínas tem sido a mais profícua do LBC, proporcionado contribuições científicas importantes em revistas de alto impacto, inclusive duas delas como capas e duas patentes submetidas. Destacam-se aqui dois artigos na área de biologia de proteínas-quinase publicados no períodico Science Signaling capa em 2014 e revisão sobre fármacos para quinases em 2016.Também, o trabalho sobre o uso de nucleossomos como alvo de desenvolvimento de fármacos (TIPS,2015).
