O Laboratório de Modelagem Molecular/LAB2M tem por objetivos a realização de estudos computacionais de proteínas ligadas a compostos bioativos (fármacos, herbicidas etc) , heme-proteínas (citocromo c), proteínas em membranas e biocombustíveis. As simulacões permitem estudar efeitos de pH e potencial eletroquímica na atividade biológica de proteínas (estudos estruturais), em propriedades óticas de absorcão ou de fluorescência, propriedades físicas (viscosidade, densidade) em biocombustíveis.