O Grupo Biodiversidade e Taxonomia Microbiana realiza estudos voltados à caracterização da Biodiversidade Microbiana em diferentes Biomas Brasileiros (particularmente o marinho) e em processos industriais desde 2005. O Grupo é pioneiro internacional no estabelecimento da Taxonomia Genômica e Eletrônica de Procariontes e no estudo da microbiota de corais endêmicos. O grupo colabora ativamente com outros grupos de excelência em áreas correlatas no Brasil e no exterior. O grupo significativamente tem contribuído para o melhor entendimento da estrutura o funcionamento de sistemas recifais.