A Embrapa Suínos e Aves atua no melhoramento genético dos suínos e das aves desde 1991, com projetos formais conduzidos para desenvolver e aperfeiçoar linhagens genéticas de suínos, de frangos de corte industrial, de galinhas de postura industrial, de frangos de corte coloniais e de galinhas de postura coloniais.Nos projetos de suínos foram desenvolvidas as linhagens de suínos para cruzamentos industriais MS 58 e MS 60, MS 115 e está em desenvolvimento uma linhagem de porcas de maior prolificidade e um estudo para melhorar a qualidade da carne com o uso de raças de mais marmoreio. Atualmente está em andamento um projeto de pesquisa em melhoramento genético de suínos com seleção de raças e linhas puras de fêmeas e de machos e estimativa de exigências nutricionais tanto para rendimento industrial como para qualidade de carne.Nos projetos de aves foram desenvolvidas as seguintes linhagens: 1) de postura industrial de ovos brancos, Embrapa 011; 2) de corte industrial, Embrapa 021; 3) de postura industrial para ovos castanhos, Embrapa 031; 4) de corte colonial, Embrapa 041 e 5) de postura colonial, Embrapa 051.Além das linhagens comerciais disponíveis para venda e parcerias a Embrapa possui um banco ativo de germoplasma de aves com linhas puras selecionadas e livres de micoplasma e salmonela e monitoradas para leucose tipo J. Possui também três linhas controle não selecionadas sendo uma para postura, uma para linha fêmea de frango de corte e uma para linha macho de frango de corte.O grupo de pesquisadores dessa área tem também participado de outros projetos principamente nas áreas de manejo e reprodução de aves, bem como treinado estudantes, pesquisadores, e participado de projetos e bancas de Tese, além de ter prestado consultoria.
