O NIEFA atua na produção e divulgação de conhecimento em zoologia, através do desenvolvimento de pesquisas em sistemática, taxonomia, biogeografia, história natural, morfologia e genética animal. Através de estudos de campo e também da manutenção e estudo de milhares de exemplares preservados na Coleção Zoológica da Universidade Federal de Mato Grosso, o núcleo busca estudar e divulgar a fauna encontrada nos três biomas presentes no Estado (Amazônia, Cerrado e Pantanal), oferecendo ferramentas para consolidação de EIA/RIMA para empreendimentos diversos, estudos ecológicos e bases para desenvolver políticas de conservação na região. Realiza ainda atividades de extensão junto às comunidades acadêmica e geral, divulgando o conhecimento técnico necessário ao estudo da fauna. Destacam-se também o atendimento à comunidade no inventário e monitoramento de insetos vetores e animais peçonhentos e as parcerias com órgãos autárquicos nas esferas estadual e municipal e com outras instituições de ensino e pesquisa, que contribuem na formação continuada de recursos humanos e propiciam aos alunos do núcleo o treinamento adequado para o desenvolvimento de suas habilidades e competências na abrangente área da Zoologia.
