As linhas de pesquisa são de interesse à comunidade científica, sendo tópicos atuais e relevantes em Micologia, comprovados pela produção científica nas áreas de conhecimento, nas quais tem sido reconhecidas, através de apresentações e publicações em eventos científicos e em periódicos indexados nacionais e internacionais. Seus objetivos estão voltados à investigação dos agentes causadores de micoses de interesse médico humano e animal em seus aspectos epidemiológicos, terapêuticos, do diagnóstico imunológico e molecular, além dos aspectos da interação fungo-hospedeiro. Por fim, são realizadas atividades extensionistas articuladas com a pesquisa científica, em parceria com prefeituras municipais do estado do Rio de Janeiro.