O grupo de ecologia aquática mantém uma trajetória de estudos que teve seu início no Litoral Norte e Médio do Rio Grande do Sul, estendendo-se para a região de Porto Alegre, bacias da Serra e do Pampa. Os projetos são voltados ao conhecimento dos ecossistemas aquáticos no sul do Brasil, como lagoas e lagunas costeiras, áreas úmidas e banhados, reservatórios, açudes, rios e pequenos cursos de água. Os estudos têm buscado informações ecológicas para estabelecer uma tipologia para o complexo de Lagoas Costeiras, bem como caracterização bionômicas das espécies de peixes, invertebrados bentônicos, zooplâncton, fitoplâncton e bacterioplâncton. Estudos atuais buscam evidenciar as relações de variáveis de manchas em lagoas costeiras e a diversidade da biota aquática; o estudo da diversidade beta do fitoplâncton em lagoas costeiras; o impacto das mudanças climáticas globais sobre a estrutura e dinâmica da biota aquática; a avaliação da integridade ecológica dos ecossistemas aquáticos estudados.
