O NPQS nasceu de parcerias interinstitucionais em 1997. Os trabalhos se iniciaram com qualidade de software educacional em parceria com a COPPE/UFRJ. As pesquisas se expandiram para a qualidade de software agropecuário em parceria com o Núcleo Softex Agrosoft, Embrapa-CNPTIA, Embrapa-CNPGL, UFV e UFLA. Depois as pesquisas focaram o Desenvolvimento Baseado em Componentes. Com a criação do mestrado em Modelagem Computacional em 2006, parceria do Departamento de Ciência da Computação com a Faculdade de Engenharia, o grupo focou suas pesquisas em e-Science. Com a expansão do Departamento de Ciência da Computação e criação do Programa de Pós Graduação em Ciência da Computação em 2011 o grupo de expandiu e atua nas seguintes áreas: ecossistemas de software, ontologias, serviços web semânticos, e-science, trabalho cooperativo, redes complexas, manutenção e evolução de software e testes.
