O grupo de pesquisa em sistemas agropecuários sustentáveis é um grupo transdisciplinar, que atua principalmente na região do MATOPIBA, com o foco em integrar princípios fundamentais do conhecimento em solo, água e ar com a produção animal, de grãos e de culturas perenes, e as relações desses sistemas em nível de bacia hidrográfica, para melhoria da qualidade ambiental, aumento da produtividade, da sustentabilidade e da eficiência nos sistemas agropecuários. O objetivo é desenvolver soluções científicas e tecnológicas inovadoras para aumentar a eficiência dos sistemas agropecuários e reduzir o impacto desses sistemas no ambiente, integrando diversas áreas do conhecimento e fazendo uso da modelagem de agroecossistemas como uma ferramenta de predição de cenários futuros resilientes as incertezas climáticas. O grupo de pesquisa também busca desenvolver um conjunto de indicadores para avaliar a sustentabilidade dos diferentes sistemas agropecuários, de modo a propor soluções técnico-científicas adequadas para o alcance da sustentabilidade nesses sistemas.