O grupo de pesquisa em Aquicultura da Embrapa Amazônia Ocidental foi formado em 2003. Nesse período foram disponibilizadas tecnologias que permitiram reduzir o ciclo de produção do tambaqui de 36 para 12 meses e aumentar a produção desta espécie em função da intensificação da produção com a utilização de aeradores. Houve ainda a produção experimental de lotes monosexo de fêmeas de tambaqui e disponibilização de informações sobre as principais enfermidades bacterianas e parasitárias em tambaquis cultivados, bem como métodos alternativos de controle. Para o pirarucu foi disponibilizada tecnologia para anestesia por aspersão de benzocaína ou eugenol diretamente nas brânquias e para matrinxãs a disponibilização de um sistema de produção em barragens.