O Grupo de Pesquisa Aplicada em Energia e Fluidos dedica-se a estudos relacionados a Sistemas Automotivos e de Energia. As pesquisas em Sistemas Automotivos referem-se a motores de combustão interna, incluindo emissões de poluentes, combustíveis alternativos, biocombustíveis, e escoamentos nos sistemas de admissão e exaustão. Em Sistemas de Energia o Grupo investiga principalmente aplicações de energia solar térmica e fotovoltaica, análise exergética e termoeconômica de sistemas de geração de energia e seus componentes. Para o desenvolvimento de pesquisas em sistemas automotivos, o Grupo conta com o Centro de Pesquisa em Motores, Emissões e Combustíveis - CPMEC. O CPMEC tem três salas de testes de motores em dinamômetro de bancada, possibilitando testes transientes dinâmicos seguindo ciclos padrões.A infraestrutura de pesquisa em sistemas de energia é concentrada no GREEN solar, que dispõe de um simulador solar de grande porte se destaca por pesquisas com células fotovoltaicas.