A degradação do ar, da água e do solo é consequência da gestão equivocada que conduz ao aumento da demanda de investimentos em recuperação. O NEPA realiza estudos integrados desde 2006 em bacias hidrográficas cujos resultados procuram auxiliar o executivo de municípios na área de mananciais, planos diretores urbanos, planejamento urbano e regional, métodos de avaliação de impactos ambientais, Unidades de Conservação, áreas protegidas, valoração de serviços ambientais e ecossistêmicos, perdas de solo em bacias hidrográficas na forma de artigos científicos publicados em revistas especializadas que são resultados de iniciações científicas, mestrados e doutorados.