Os pesquisadores do grupo de pesquisa desenvolvem estudos florísticos de Fanerógamas em diversos ecossistemas brasileiros, com ênfase no Estado de São Paulo, em especial da Mata Atlântica. Os taxonomistas desenvolvem revisões/monografias nas famílias Acanthaceae, Asteraceae, Bromeliaceae, Canabaceae, Convolvulaceae, Dioscoreaceae, Euphorbiaceae, Gentianaceae, Malpighiaceae, Moraceae, Orchidaceae, Poaceae, Phyllanthaceae, Thymelaeaceae, Ulmaceae, Urticaceae e Xyridaceae. O Herbário do Instituto de Botânica é a instituição coordenadora do Projeto Temático "Flora Fanerogâmica do Estado de São Paulo". Como subsídio aos estudos sistemáticos e taxonômicos, são desenvolvidos também estudos morfológicos de grãos de pólen e anatômicos de diferentes órgãos/tecidos, com a colaboração de anatomistas. Vários pesquisadores integraram o Projeto Reflora, identificando, certificando e digitalizando coleções depositadas nos Herbários de Kew e de Paris, disponíveis no site do Jardim Botânico do RJ.
