O Grupo de Intercâmbio e Quarentena Vegetal envolve várias áreas de Fitossanidade. No IAC existe uma Comissão de Quarentena de Plantas, com profissionais na área de Entomologia, Fitopatologia,Virologia, Nematologia e Plantas Daninhas. Os pesquisadores desenvolvem trabalhos em suas áreas de pesquisa, concentradas em melhoramento de plantas visando resistência a pragas e doenças e manejo integrado de pragas e doenças. Atuam no Quarentenário, realizando testes diagnósticos de patógenos e plantas daninhas, com a objetivo de interceptar e conter pragas exóticas em material vegetal importado para pesquisa. O IAC é credenciado pelo MAPA e pela CTNBio, podendo realizar quarentena de todas espécies vegetais convencionais e transgênicas.