Formamos um corpo especializado de docentes, pós-graduandos e graduandos, que dialoga em torno das histórias do Brasil, de Portugal e de outras regiões europeias, além da América espanhola, da África, e da Índia portuguesa. Nesse contexto de valorização da pesquisa documental, a Companhia das Índias foi criada em 1998. Como núcleo que reúne pesquisadores do PPGH-UFF e de outras instituições do Brasil e do exterior, suas investigações centram-se no mundo ibérico e colonial na Época Moderna. As atividades incluem discussões de pesquisas entre membros do núcleo, além de conferências. A renovação da Cia das Índias estimulou sua participação nos concursos Pronex, promovidos pela Faperj/CNPq. Entre suas principais realizações encontram-se vários livros, cursos lato sensu de História Moderna, realização de seminários, colóquios e workshops com professores estrangeiros.