Os estudos sobre arboviroses epidêmicas representam importante passo para o estabelecimento de informações acerca da ecologia e epidemiologia de doenças como febre amarela, dengue, febre do Oropouche e febre do Mayaro que são as arboviroses até o momento com ocorrência epidêmica na Amazônia brasileira. Diversas epidemias têm sido estudadas ao longo dos anos e muitos aspectos ecológicos e epidemiológicos foram obtidos, especialmente acerca dos ciclos de transmissão dessas arboviroses incluindo estudo dos vetores e hospedeiros vertebrados. Também estudos clínico-epidemiológicos e de patogenia tem sido realizados com importante impacto. Alguns aspectos mais relevantes da epidemiologia molecular dessas arboviroses foram obtidos nos últimos anos pelo grupo de pesquisa do IEC, o que colaborado para o entendimento da epidemiologia e da epidemiologia molecular dessas arboviroses incluindo, dengue, febre amarela, febre do Mayaro, Febre do Oropouche que são as mais prevalentes, mas também da endefalite Saint Louis, encefalite Rocio entre outras.