O conceito de sustentabilidade deve constituir a base do ordenamento pesqueiro e aqüicola, além de compreender não somente a sustentabilidade dos recursos biológicos, mas também o valor e os benefícios sociais que são gerados. Para que a aqüicultura produza benefícios reais e permanentes, será necessário identificar formas adequadas de apoio comercial e técnico, além de um cuidado especial na gestão dos recursos e na avaliação social e ecológica das regiões com potencial aqüicola. Atualmente pesquisadores e alunos do grupo fazem parte da equipe do projeto intitulado ¿Indicadores de Sustentabilidade para a Aquicultura¿ (Edital MCT/CNPq/MEC/CAPES/CT AGRO/CT HIDRO/FAPS/EMBRAPA ¿ REPENSA). Esta rede, formada a partir do Grupo de Trabalho em Sustentabilidade, constituído pelo Ministério da Pesca e Aquicultura em 2009, tem como objetivo central avaliar a sustentabilidade das atividades de Aquicultura, sendo formada por 38 pesquisadores de 15 instituições de pesquisa.
