O Núcleo Prodep tem a sua origem em um conjunto de atividades de pesquisa e de extensão sediadas na UFMG desde 2003. Na origem do Núcleo estão trabalhos de pesquisa sobre o orçamento participativo realizados em 2002 e 2003 e que geraram importantes publicações: ¿Democracy and the public space in Latin America¿, ¿A inovação Democrática no Brasil¿ e ¿Participatory publics: civil society and new institutions¿ publicado pela revista Comparative Politics. No que diz respeito à área de pesquisa, ela foi ampliada com pesquisas sobre conselhos de saúde e de assistência social, tais como ¿Participação e Distribuição nas Políticas Públicas¿ financiada pela FINEP e pela pesquisa ¿A Dinâmica da Participação Local¿ contemplada com um PRONEX. Uma segunda característica importante deste grupo é a estreita relação entre pesquisa e extensão. Neste período, o Núcleo participou de cursos de capacitação especialização junto com a Prefeitura de São Paulo e a Secretaria Geral da Presidência da República.