Os estudos realizados pelo Grupo de Matéria Orgânica se concentram, principalmente, na busca e validação de indicadores da qualidade do ecossistema solo tanto em ecossistemas naturais como nos alterados. Abrange a avaliação das propriedades químicas, físicas e biológicas, com ênfase na matéria orgânica do solo e microbiologia do solo. Para tal, o grupo tem procurado se qualificar e fazer parceria interinstitucional, além de adequar as instalações laboratoriais do Museu Goeldi, O grupo tem uma forte presença na formação de recursos humanos relacionados a Agronomia, Ciências Ambientais, Biodiversidade de Biotecnologia e na participação de redes de pesquisa como o Projeto LBA, INCT e Rede Bionorte, Grupo de Terra Preta.
