O Núcleo de Pesquisa em Engenharia de Produção surgiu da necessidade de consolidar e direcionar a pesquisa nesta área da UFGD. O grupo utiliza o conceito de sistemas de produção como referencial de análise científica, considerando operações de manufatura e de serviços, abrangendo desde a unidade produtiva até a cadeia de suprimentos. As pesquisas do grupo geralmente adotam como objeto de análise as organizações situadas na região da Grande Dourados, área de influência da UFGD. Dentre os trabalhos desenvolvidos atualmente, podem-se destacar os estudos estratégicos no setor sucroalcooleiro e no setor hoteleiro, a identificação e a análise de práticas de PCP na agroindústria e sua relação com a estratégia de produção, a avaliação de sistemas de gestão da qualidade e a avaliação da sustentabilidade ambiental na cadeia agroindustrial.