A Bacteriologia do IAL desenvolve pesquisas nos diferentes aspectos das bactérias que causam os principais agravos em Saúde Púbica, como Micobactérias, Leptospira, Corynebacterium diphtheriae, Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus, Enterobactérias e outros oportunistas, como as bacilos Gram-negativos fermentadores e não fermentadores, e enterococos, principais agentes de infecções relacionadas à assistência à saúde (IRAS). O grupo trabalha com a vigilância epidemiológica na investigação das etiologias de surtos ou epidemias em nível Estadual ou Nacional, ou na investigação da etiologia das doenças de notificação compulsória ou outros agravos endêmicos. A procedência das bactérias é de hospitais da rede Pública ou privada, laboratórios de Saúde Pública ou laboratórios clínicos privados, e Centros de Saúde. Os estudos envolvem abordagens fenotípica, genotípica e de resistência antimicrobiana.