As linhas de pesquisa de micologia tem trazido contribuição no conhecimento da epidemiologia e sensibilidade in vitro a antifúngicos de espécies de leveduras e fungos filamentosos considerados emergentes, particularmente como agentes etiológicos de infecções graves em pacientes imunocomprometidos. Diversas alterações em protocolos diagnósticos e no tratamento desses pacientes tem sido recomendadas a partir desses estudos, geralmente incluindo centros de pesquisa do país e exterior, a partir de publicações em periódicos indexados de primeira linha. Uma área muito produtiva e com repercussões a nível internacional é o da epidemiologia e detecção de resistência bacteriana a antimicrobianos. O nosso laboratório especial de microbiologia clínica é referência para a América Latina nessa área, o que pode ser comprovado pela publicações e participações relevantes nos princiapis congressos internacionais. Destaca-se, também, os teste in vitro com novos antimicrobianos, muitos deles ainda não disponíveis para uso clínico; esses dados tem sido utilizados na elaboração de protocolos de estudos clínicos em nosso meio.A genotipagem de microrganismos sejam fungos, bactérias ou vírus sáo importantes no estudo de surtos de infecções sejam comunitárias ou hospitalares. O nosso grupo tem se destacado no estudo de infecções hospitalares e doenças sexualmente transmissíveis como o papilomavírus humano, trazendo contribuição para o entendimento da disseminação desses microrganismos em diferentes populações.Uma área importante, e ainda carente em nosso meio, é o da avaliação e introdução de novos métodos diagnósticos em microbiologia clínica, particularmente utilizando as novas ferramentas de biologia molecular. Os nossos laboratórios de pesquisa associados ao laboratório do Hospital São Paulo tem implementado essas técnicas, destacando-se a detecção precoce e caracterização de espécies de micobacterias, mormente em pacientes HIV positivos.
