Através de estudos taxonômicos e ecológicos espaço-temporais dos invertebrados de comunidades aquáticas, se atua para:- Ampliação do conhecimento sobre a biodiversidade brasileira e do Atlântico Ocidental, especialmente na região sul;- Organização e manutenção de coleções científicas, constituindo-se em banco de dados representativo, especialmente da fauna aquática nacional.- Elaboração e atualizações de diagnósticos ambientais que envolvam os sistemas aquáticos costeiros;- Uso sustentável dos ecossistemas aquáticos para manutenção dos recursos naturais e melhor qualidade de vida do homem;- Subsídio de informações para desenvolvimento de políticas ambientais pelos setores público e privado; -Conhecimento da influência dos eventos climáticos ocorridos ao longo do Neogeno e Quaternário nos padrões de biodiversidade;- Educação ambiental, visando à formação e aperfeiçoamento de recursos humanos especializados- Estudo de espécies exóticas invasoras e seus efeitos na biota nativa.