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- Centro de Pesquisas René Rachou
- Centro de Pesquisas Sudeste/Sul
- Centro de Previsão de Tempo e Estudos Climáticos
- Centro de Produção e Pesquisa de Imunobiológicos
- Centro de Projetos de Ensino e Pesquisa
- Centro de Promoção da Saúde
- Centro de Pós-Graduação em Desenvolvimento Agrícola
- Centro de Rastreio e Controle de Satélites
- Centro de Reabilitação e Readaptação Henrique Santillo
- Centro de Recuperação de Dependência Química
- Centro de Recursos Hídricos
- Centro de Referência e Treinamento em DST/AIDS do Estado de São Paulo
- Centro de Referência em Informação Ambiental
- Centro de Referência em Patrimônio e Pesquisa
- Centro de Seleção e de Promoção de Eventos
- Centro de Sensoriamento Remoto
- Centro de Tecnologia
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- Centro de Tecnologia - Campus I
- Centro de Tecnologia da Informação Renato Archer
- Centro de Tecnologia da Informação Renato Archer - Campus Nordeste
- Centro de Tecnologia de Informação e Comunicação Estado do Rio de Janeiro
- Centro de Tecnologia de Obras de Infra-estrutura
- Centro de Tecnologia do Couro e do Calçado Albano Franco