O LIMI tem como missão primordial a realização de investigação científica de qualidade e a formação de recursos humanos avançados. As suas linhas de pesquisa estão nas áreas de agentes infecciosos intracelulares, com ênfase em Leishmania, micobactéria e Plasmodium, com estudos em: Imunopatogênese e imunorrregulação, biologia da inflamação e biomarcadores de doença. Nas atividades de pesquisa, o LIMI promove ativamente a interação e integração entre as questões epidemiológicas, clínicas e básicas e um relacionamento harmônico com outras instituições científicas e assistenciais que atuam na mesma área do conhecimento. O LIMI procura atuar em conjunto com outros órgãos do Governo Federal, das Secretarias de Saúde Estadual e Municipal, e instituições privadas com prioridade para as sem fim lucrativo. No estabelecimento de atividades conjuntas, busca atingir os benefícios e melhorias das condições de atuação das diversas instituições envolvidas.
