O grupo de pesquisa em Biotecnologia de Microrganismos procura aproveitar capacidades metabólicas naturais de microbiotas isoladas em diferentes condições ambientais, tais como: solos e ambientes aquáticos contaminados com herbicidas, plantas de uso medicinal, plantas adaptadas a ambientes submetidos a estresses abióticos e bióticos, resíduos de processos industriais. Os microrganismos isolados nestes ambientes e que possuem capacidades biotecnológicas interessantes são avaliados quanto a parâmetros microbiológicos, bioquímicos, químicos e genéticos. Programas de melhoramento genéticos são estabelecidos a partir da caracterização microbiológica de linhagens com potencial de degradação de substâncias xenobióticas, resíduos industriais ou de produção de substâncias antagonísticas. Caracterizações genômicas e proteômicas seguem a este processo, procurando determinar e isolar genes e proteínas, com potencial biotecnológico e que possam ser utilizados para minimizar passivos ambientais.
