O NEPES investiga as perspectivas educacionais, políticas e culturais no processo de construção de uma educação bilíngue (Libras/Português). No período de 1991 a 2000, enfatizou-se o desenvolvimento de pesquisa-ação com estudantes surdos em cursos técnicos de diferentes formações do Câmpus São José. De 2001 a 2004, deu-se a implantação de projetos inéditos de cursos bilíngues na modalidade de Educação de Jovens e Adultos Surdos e de Ensino Médio. A partir de 2007 ocorreu o processo de implantação do Câmpus Palhoça Bilíngue. Desde então, o núcleo está atuando com pesquisas relacionadas aos itinerários formativos do câmpus: multimídia e formação de profissionais bilíngues. A partir de 2015, com o aumento do número de pesquisadores, novos grupos de pesquisa serão criados, logo, as linhas de pesquisas também foram reestruturadas focando no ensino e a aprendizagem da Libras como L1 e L2 e do Português como L2 para pessoas Surdas e nas políticas educacionais para uma Pedagogia Bilíngue.
