O grupo de Pesquisa em Proteômica e Genômica do estresse em plantas do Centro de Biotecnologia e Genética da Universidade Estadual de Santa Cruz desenvolve um programa de pesquisa direcionado ao estudo das respostas a estresses biótico e abiótico em plantas e à identificação de proteínas e peptídeos de interesse científico e biotecnológicos. No que se refere ao estresse biótico os estudos são relacionados ao Theobroma cacao e seus patógenos, como o fungo Moniliophthora perniosa, Moniliophthora roreri, Ceratocystis cacaofunesta e Phytophythora. As respostas do T. cacao e de citrus ao estresse por déficite hídrico e por inundação também tem sido estudados, principalmente, envolvendo diferentes genótipos e a interação enxerto-porta enxerto. A prospecção de novas proteínas e peptídeos com atividades biológicas de interesse biotecnológico tem sido estudada em espécies de formigas de de serpentes da mata atlântica.
