O NEPES tem como objetivos principais: a) ser um centro de referência em educação superior no Estado do Rio de Janeiro, agregando pesquisadores, alunos de pós-graduação e de graduação;b) promover eventos, tendo como foco a educação; c) organizar publicações que tenham como temática as políticas de educação; d) realizar intercâmbios com outros núcleos/laboratórios de estudos e pesquisas em educação do Brasil e do exterior, e com instituições/organizações da sociedade, de forma a executar trabalhos em rede; e) ser um pólo de formulação e proposição de políticas de educação superior.O NEPES tem várias publicações que têm como foco a educação superior no Brasil e na América Latina.