O NAPEM tem como finalidades: I. coordenar as avaliações docentes e discentes referentes às atividades do curso e dos módulos de ensino; II. coordenar as avaliações dos programas para dar subsídios às atividades de Desenvolvimento Curricular; III. desenvolver estudos de avaliação da aprendizagem, avaliação docente, avaliação discente, avaliação de egressos; IV. subsidiar as Comissões de Pós-Graduação stricto-sensu e lato-sensu no processo pedagógico e de avaliação continuada; V. desenvolver parcerias com Instituições relacionadas a Educação Médica e afins para propiciar colaboração técnica e científica; VI. promover programas de desenvolvimento para atuação docente; VII. desenvolver projetos de pesquisas em Educação em Saúde.