A complexidade de um fenótipo vem de que muitos fatores genéticos e ambientais podem interagir um com o outro de maneiras imprevisíveis, tal que as associações entre o fenótipo em um fator simples pode ser imperceptível. Interações não lineares, incluindo epistasia e interações genótipo-ambiente, indicam que a expressão do fenótipo pode não ser predita acuradamente a partir dos efeitos individuais de cada um de seus componentes. Assim, separadamente, eles podem não ser muito bem compreendidos. Desta forma, fenótipos complexos são difíceis de mensurar. Para uma visão sistêmica e global dos fenótipos, inferência sobre interação genótipo-ambiente, interação entre diferentes genes e alelos, abrangência da influência de variáveis climáticas e produtivas serão empregadas metodologias apropriadas e que atualmente estão em destaque na área. À maneira que é crescente a quantidade de dados fornecidos pelas técnicas de análise em genética molecular, muitas vezes os métodos utilizados atualmente não atingem seus objetivos com eles. Desta forma, é necessário muitas vezes adequar ou desenvolver métodos mais apropriados e que permitam uma visão abrangente sobre o fenótipo, sua estruturação e comportamento.
